Lorsqu'une entreprise dépose une demande de remboursement de crédit de TVA, l'Administration fiscale contrôle son bien-fondé. Elle a le choix entre plusieurs procédures :

- le contrôle sur pièces depuis le service des impôts (l'Administration contrôle en pratique certaines factures fournisseurs) ;
- la vérification de comptabilité (c'est la procédure la plus lourde au plan procédural) (LPF, art. L 13) ;
- et, depuis le 1er janvier 2017, la procédure d'instruction sur place en se rendant dans les locaux de l'entreprise (LPF, art. 198 A).

L'Administration a commenté cette nouvelle procédure dans une mise à jour du BOFiP du 14 mai 2024. Elle a apporté deux précisions importantes :

- l'entreprise n'a pas à présenter une copie des fichiers des écritures comptables lors de ce contrôle ;
- l'Administration doit respecter des délais stricts dans le cadre de l'instruction de la demande de remboursement. Elle doit répondre dans un délai de 4 mois à compter de l'envoi de l'avis d'instruction sur place et dans les 60 jours de la première intervention sur place. A défaut, la demande de remboursement est considérée comme acceptée. L'Administration indique comment ces délais doivent être computés.

Source : BOI-CTX-PREA-20, 15 mai 2024, § 1 à 210